OPTIMIZATION OF POLYMERASE CHAIN REACTION CONDITIONS FOR THE DETECTION OF GREENING ORGANISM IN CITRUS PLANTS

Abstract

Tujuan percobaan ini adalah untuk mengetahui pengaruh parameter kondisi PCR yang digunakan dalam mendeteksi patogen CVPD dan memperoleh hasil PCR yang jelas. Parameter kondisi PCR yang dioptimasi adalah pengaruh bufer PCR, konsentrasi total DNA, konsentrasi MgCl₂, konsentrasi dNTP, konsentrasi primer, konsentrasi enzim, temperatur penempelan primer dan jumlah siklus PCR. Fragmen 16S rDNA patogen CVPD diamplifikasi dengan teknik PCR yang dimodifikasi menggunakan satu set primer spesifik. Hasil menunjukkan bahwa amplifikasi yang positif masih jelas bilamana campuran reaksi menggunakan 10 ng total DNA. Bufer PCR yang optimal digunakan adalah bufer standar yang mengandung 78 mM Tris-HCl (pH 8.8) 17 mM (NH₄)₂SO₄, 10 mM b-mercaptoethanol dan 200 mg of Bovine Serum Albumin. Konsentrasi MgCl₂, dNTP, primer dan ensim Taq DNA polymerase yang optimal masing-masing 1,5 mM; 0,2 mM; 0,4 mM dan 1 unit. Temperatur penempelan primer dan jumlah siklus yang optimal masing-masing 55^oC dan 40 siklus